L'EIT compta amb diferents comunitats de coneixement i innovació. Cadascuna d'elles busca trobar solucions a un repte global concret. A més, poden desenvolupar productes i serveis innovadors, originar noves empreses i formar una nova generació d'emprenedors.
Actualment, l'EIT es divideix en 9 comunitats o grups de treball, que es defineixen com:
-EIT Climate-KIC
-EIT Digital
-EIT Food
-EIT Salut
-EIT InnoEnergy
-Fabricació EIT
-Matèries Primeres EIT
-Mobilitat Urbana EIT
-EIT Cultura i Creativitat
A més, a través d'EIT Alumni, l'entitat ofereix suport a tots els seus graduats i exalumnes independentment del col·lectiu al qual pertanyin, l'àrea en la qual s'especialitzin o en quin lloc del món visquin.
Cadascuna de les Comunitats de Coneixement i Innovació duen a terme activitats que abasten tota la cadena d'innovació: des de programes de formació i educació, passant per tot el recorregut de recerca quan arriba al mercat, fins al llançament d'acceleradores i incubadores.
L'EIT finança comunitats d'innovació fins a un màxim del 25%, cosa que li permet atreure capital de socis industrials i inversors privats.